Действие игры «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти» разворачивается после событий, изложенных в игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля». После того, как проход к центру Зоны оказался открыт, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию, под кодовым названием «Фарватер». Целью операции является взятие ЧАЭС под контроль военных.