События сталкер тень чернобыля разворачиваются в 2012 году в чернобльской аномальной зоне спустя некоторое время после второй катастрофы. На площади примерно 30 квадратных киллометров постоянно происходят различные события: Сталкеры выполняют свою работу и находят артефакты, бандиты грабят лагеря, спецназ проводит масштабные операции, животные пожирают друг друга и нападают на людей. Аномальные области в одном месте появляются, в дугом исчезают, враждующие структуры ведут постоянную войну. Даже сюжетных персонажей оберегают до тех пор, пока они не поделятся необходимой информацией, а далее коварные законы данной области начинают действовать и события развиваются уже нестандартно. Главному герою - Сталкеру Меченому необходимо решить сложную загадку и разгадать основную тайну зоны в одной из несколькох концивок игры.