Утилита сканирует реестр Windows, находит неверную или устаревшую информацию в записях реестра и исправляет ее, позволяя системе работать быстрее. CleanMyPC Registry Cleaner имеет функцию создания резервных копий всего реестра, с помощью которой можно восстановить текущее состояние, если вдруг внесенные изменения нарушат работу системы. Кроме этого в утилите имеется менеджер автозапуска и объектов модулей поддержки (BHO) браузера Internet Explorer.